症状
轻型花叶病叶初现明脉轻微褪绿或现浓、淡绿相间的斑驳，病株无明显畸形或矮化，不造成落叶。
重型花叶除表现褪绿斑驳外，叶面凹凸不平，叶脉皱缩畸形，或形成线形叶，生长缓慢，果实变 小，严重矮化。
黄化：病叶明显变黄，出现落叶现象。
坏死：病株部分组织变褐坏死，表现为条斑，顶枯，坏死斑驳及环斑等。
畸形：病株变形，如叶片变成线状，即蕨叶，或植株矮小，分枝极多，呈丛枝状。
防治方法
1.选用抗（耐）病品种：
2.培育无病适龄壮苗：
从无病株上采种，携带烟草花叶病毒的种子可用10%磷酸三钠溶液浸种30分钟，清水洗净后播种。
育苗地要疏松肥沃，清除病残体，并适当早播和适当稀播。在满足幼苗对营养和水分等要求的前提下，实行昼促夜控的苗床温度管理，培育茎秆粗壮，具12-14片叶和50%以上植株现蕾的壮苗，并注意及时防治蚜虫。这样的适龄壮苗定植后一周即可转青，而且封垄早，生长健壮，抗病力强。
3.垄作及双行密植：
采用大小垄密植栽培，一般大垄宽为50-53cm，小垄宽22-33cm，每亩4500-5000穴，每穴栽两株。春季气温低，垄作和小水灌溉比平畦和大水漫灌地温高，并且土壤疏松利于发根，提早封垄，雨季利于排水。夏季高温炎热，密植能够较早地遮严地面，降低地温和保持土壤水分，有利于植株生长，不利于病毒病发展。
4.间作玉米，利用生物屏障防病：
辣椒是一种适合密植及间、套作的蔬菜，一般每隔3-4垄辣椒间作一垄玉米，以东西行向种植为宜。有些地方与向日葵、高梁等高秆作物间作，均可起到避蚜、遮荫降温和保墒的作用，防病效果良好。定植时铺银灰色膜避蚜或田间放置黄板诱蚜，也有一定的防病作用。
5.加强栽培管理：
注意轮作换茬，精细整地，施足基肥，增施磷钾肥。露地栽培可在定植时铺地膜或加盖小拱棚，并适度蹲苗，促进发根。生长前期避免大水漫灌，浇水后及时中耕，力争做到早定植，早生根，早结果，在发病盛期到来之前已花果满枝。结果期不能缺水缺肥，以防早衰。搞好田园卫生，及时清除田间路边杂草，如酸浆、反枝苋、刺儿菜及藜等，以减少病毒来源。
6.药剂防治：
苗期及生长期要及时喷药治蚜。药剂有50%辟蚜雾可湿性粉剂或2.5%溴氰菊酯乳油2000-3000倍液等，详见菜蚜部分。应用弱毒性病毒进行人工免疫可减轻病毒病害，如烟草花叶病毒弱株系N14防烟草花叶病毒，烟草花叶病毒卫星核糖核酸制剂S52和S54防烟草花叶病毒，但必须在辣椒感染自然界强株系之前接种上弱毒性病毒。接种方法主要有两种，一种是人工摩擦或高压喷枪接种，苗龄在1-3叶期为宜；另一种是浸根接种，当幼苗2叶期进行第一次假植时，将幼苗拔出洗净根部后立即浸入疫苗液中5-10分钟。疫苗液的浓度一般为100倍液（S52和S54）和1000倍液（N14），详见产品说明。另外，也可喷洒NS-83增抗剂100倍液，定植前后各喷1次，还可在定植前、缓苗后及盛果期各喷1次0.1%硫酸锌溶液，都有一定的防病作用。